Lors d'une rencontre en octobre 2006, les ministres français et québécois responsables de l'enseignement supérieur ont exprimé leur volonté de voir se renouveler la coopération universitaire franco-québécoise, alors organisée autour du Centre de coopération interuniversitaire franco-québécoises, le CCIFQ, mis sur pied en 1984.
L'objectif premier de ce renouvellement était de répondre aux besoins et aux attentes des établissements d'enseignement supérieur dont les pratiques ont évolué significativement au cours des dernières décennies. Une préoccupation centrale était aussi de placer les universités aux commandes d'une structure souple, adaptée à leurs besoins et répondant à leurs intérêts. Dans cette restructuration était aussi visée une utilisation plus efficace des ressources financières disponibles de façon à bonifier les montants dévolus aux programmes.
En réponse à cette volonté ministérielle, une rencontre de travail sur l'avenir de la coopération universitaire franco-québécoise s'est tenue le 2 mars 2007, à Québec, à l'issue de la 61e session de la Commission permanente de coopération franco-québécoise. Lors de cette rencontre, le Groupe de travail franco-québécois sur l'avenir de la coopération universitaire a été formé, avec le mandat de proposer des orientations qui donneraient une nouvelle impulsion à la coopération universitaire entre la France et le Québec.
Ce groupe a été constitué de représentants du ministère de l'Éducation, du Loisir et du Sport, du ministère des Relations internationales et de la Conférence des recteurs et des principaux des universités du Québec (CREPUQ). Le Groupe a aussi été formé de représentants français du ministère de l'Enseignement supérieur et de la Recherche, du ministère des Affaires étrangères et européennes et du milieu universitaire. Le travail de ce Groupe a conduit à la signature, le 4 juillet 2008, dans le cadre de la 15e Rencontre alternée des premiers ministres québécois et français, de l'Entente relative au Conseil franco-québécois de coopération universitaire entre le gouvernement du Québec et le gouvernement de la République française. Cette entente a permis la création du nouveau dispositif de coopération, le Conseil franco-québécois de coopération universitaire (CFQCU).